氨基酸的立体化学：某些氨基酸在合成过程中可能因为立体化学因素难以耦合，导致合成效率低下或产生副产物。

肽链的稳定性：多肽的稳定性受多种因素影响，如序列长度、组成、折叠状态等。在合成过程中，肽链可能发生断裂或降解，影响终产量和纯度。

保护基策略：在多肽合成中，需要采取合适的保护基策略以避免不必要的反应。选择适当的保护基是关键，需要综合考虑其反应性、选择性、稳定性等因素。

偶联方法：多肽合成的核心是偶联方法，即将一个个氨基酸通过化学键连接起来。不同的偶联方法有各自的优缺点，需要根据具体情况选择合适的方法。

副反应和杂质：在多肽合成过程中，可能会产生多种副反应和杂质，如脱保护、重排、聚合等。这些副产物会影响产物的纯度和质量。

成本和规模：多肽合成需要大量的原料和试剂，因此成本较高。此外，随着合成规模的扩大，成本也会相应增加。因此，需要优化合成条件和规模以降低成本。

质量控制：多肽合成的质量控制至关重要，包括产物的纯度、稳定性、生物活性等。需要进行严格的质量控制以确保合成产物的质量和安全性。